唐朝为利用回鹘,也不得不尊重摩尼教。唐朝在给予回鹘使臣赏赐物、财产时,摩尼师也享有同等的待遇,有时还通过摩尼师在唐与回鹘之间进行调和。
开成五年(840年),回鹘为黠戛斯打败;因过去回鹘恃功在长安横行不法,特别是每年以大批弱马强行换取唐朝数以万计的绢帛,引起唐朝不满,故乘机打击回鹘的势力,摩尼教也遭到排斥。
会昌二年(842年),唐朝借口“缘自闻回鹘破亡,奉法者因兹懈怠,蕃憎在彼,稍似无信,吴楚水乡,人性嚣薄,信心既去,翕集至难。”
下令暂时封闭江淮地区的摩尼教寺院,名义上说“待回鹘本土安宁,即令如旧。”实则将其取缔。
会昌三年(843年)唐大败回鹘乌介可汗,诏令在长安及洛阳的回鹘及摩尼寺庄宅钱物等,由功德使、御史台及京兆府各差官点检收抽,钱物纳官。
并“敕天下摩尼寺并令废罢”,“有司收摩尼书若象,烧于道”,并令“天下摩尼师,剃发,令著袈裟,作沙门形而煞之”,仅京城一地,就有“女摩尼72人死,及在此国回纥诸摩尼,配流诸道,死者大半。”
两年后唐武宗大规模“毁佛”,同时取缔一切外来宗教,摩尼教等教徒被勒令还俗,充国家两税户,外国人则送远处收管。
摩尼教遭此打击,在中国内地之势开始转向衰落。
随着回鹘的西迁,摩尼教在中国西北一带却有了进一步发展,相当兴盛。
五代两宋时期,摩尼教与佛教道教进一步融合。北宋时摩尼教攀附道教,崇道的北宋统治者对其十分优容,在今福建、浙江、江苏、江西和安徽等地十分流行。
南宋时期,东南一带摩尼教更加活跃,名目繁多,淮南称二桧子,两浙曰牟尼教,福建曰明教等。尤以福建明教为盛。
当时摩尼教也常被农民用作组织民众反抗封建统治的工具。
贞明六年(920年),后梁陈州人毋乙、董乙以摩尼教发动民众造反。
后唐、后晋时农民利用摩尼教进行反抗斗争之事亦“时复潜兴”。
北宋末年,方腊以明教发动农民起义,攻占七州